Fue comisionado como subteniente y destinado a la 1.ª Artillería de los Estados Unidos.
Desarrolló una estrecha amistad con el General Winfield Scott mientras servía en su equipo.
También sirvió bajo el mando del futuro general confederado Joseph E.
Su estrategia durante la Primera Batalla de Bull Run fue imaginativa pero ambiciosamente compleja, y sus tropas no tenían la experiencia suficiente para llevarla a cabo con eficacia, lo que resultó en una derrota embarazosa.
McDowell se convirtió en comandante de división en el Ejército del Potomac.
Debido a sus acciones en Cedar Mountain, McDowell fue finalmente nombrado General de División en el ejército regular; sin embargo, se le culpó por el desastre subsiguiente en la Segunda Batalla de Bull Run.
A pesar de esta colaboración, McDowell no recibió nuevas asignaciones para los próximos dos años.