Su primer vicepresidente ejecutivo fue Armando Artigas Pulgar, militante del Partido Radical (PR).

En 1979 se le fusionó el «Instituto de Desarrollo Indígena» (IDI, 1961).

[4]​ La misión del Indap es contribuir al desarrollo económico sostenible y a la valorización de la agricultura familiar campesina y sus organizaciones, mediante una acción de fomento tendiente a fortalecer el capital humano, social, productivo, natural y cultural, de hombres, mujeres, jóvenes y pueblos originarios en los territorios.

[5]​ Por otra parte la visión del organismo, es ser una institución pública de excelencia, plural, dialogante y que trabaja en red con otros actores públicos y privados, en beneficio de la agricultura familiar campesina del país.

[5]​ Por consiguiente los objetivos institucionales del Indap son los siguientes:[5]​ El Indap está compuesto por un director nacional, un subdirector nacional, y por ocho divisiones:[1]​