Durante la administración presidencial del doctor Marco Aurelio Soto Martínez llegó un buen flujo de extranjeros a Honduras, la finalidad era el apoyo y desarrollo técnico y administrativo que podían realizar estas personas.

para que desembarcaran en Playa Girón (Bahía de Cochinos) en el sur de Cuba apoyados por fuerza naval y aérea estadounidenses, la CIA contaba que el pueblo en general se uniría a estas fuerzas atacantes para retirar a Castro del poder, pero no fue así.

[4]​ En 1965, se fundó el Partido Comunista de Cuba, dando así lugar a que la isla caribeña acariciase la amistad con la Unión Soviética, mismo que generó tensiones con los Estados Unidos y siendo Honduras un país amigo de este segundo, rompió relaciones con Cuba de acuerdo a los sucesos de la instalación de misiles en la isla de Cuba y con el embargo internacional decretado por John F. Kennedy, comenzando así la Guerra fría mundial, mientras que los ciudadanos cubanos que gozaban con la nacionalidad hondureña algunos se vieron desprotegidos y otros emigraron hacia otros países.

El mismo mandatario Reina Idíaquez en su periodo presidencial tuvo un intento de asesinato al ser colocado aparatos explosivos (bombas) cercano a su persona, perpetrado por una facción de hondureños y algunos exiliados cubanos según las investigaciones.

La inmigración cubana a Honduras ha aportado cultura, educación, fuentes de trabajo e intercambio cultural.