Por continuidad, una vez muerto, la comunidad mapuche instalada en Los Toldos fue llamada «la tribu de Coliqueo».

Pero posteriormente el lonco Coliqueo comprendió que a largo plazo el pueblo mapuche perdería la guerra contra los "huincas" (extranjeros) y buscó un acuerdo con los gobernantes argentinos aprovechando las divisiones internas que generaban las guerras civiles.

La tradición afirma que se salvó dejándose arrastrar por un perro hacia unos pajonales, con una horrible herida en la cabeza.

[5]​ A pesar de haberle aquel ofrecido ser su segundo, Coliqueo rechazó la propuesta y se negó a entrar en guerra contra los unitarios, actuando bajo el consejo de su yerno unitario Manuel Baigorria.

Urquiza incumplió lo pactado, por lo que Coliqueo realizó un nuevo acuerdo con el general unitario Bartolomé Mitre, quien les otorgó el derecho a poseer un territorio.

En 1861, Mitre lo reconoció como «cacique principal de los indios amigos y coronel del ejército nacional».

Por esa época surgió un conflicto sucesorio, cuando los hijos de Coliqueo, Justo y Simón, pusieron en cuestión el derecho que creía tener Raninqueo, hermano de Ignacio Coliqueo, a sucederlo.