En 1586, López Ortiz, quien fuera junto con Cristóbal Rodríguez Cano el patrocinador de la obra, contrata con Juan Sánchez García el trabajo en madera del templo.

Posiblemente por falta de rigor constructivo solo veintidós años después de la inauguración del templo y el convento, en 1617, la iglesia se hallaba en mal estado que amenaza ruina, por lo cual, la Real Audiencia contrata al arquitecto Juan Bautista Coluchini para que realizara una inspección técnica del edificio.

No se sabe sin embargo si fueron estas intervenciones o las que se realizaron en 1785 luego del terremoto que afectó a la ciudad, las que cambiaron notoriamente el espacio interior del templo, particularmente en la falsa cubierta de la nave y los coros, los cuales debieron ser originalmente de estilo mudéjar como claramente se describe en el contrato para la construcción de la techumbre realizado entre López Ortiz y Sánchez García en 1586.

Además, el terremoto de 1785 pone en evidencia la mala calidad constructiva que caracterizó a la iglesia desde sus primeros días.

Dichos muros cuentan con innumerables modificaciones, presentando actualmente un tipo de decorado neoclásico conformado esencialmente por falsas pilastras, arcadas y cornisas.