Esta resolución entraba dentro del contexto de la inminente desamortización del presidente Juan Álvarez Mendizábal (1836), de forma que se traspasó el convento como propiedad privada a la familia Picó (que levantaría la desaparecida botica de la calle Mayor), quedando únicamente como propiedad eclesiástica el templo.
Para 1875 la iglesia estaba bajo la protección de la Armada Española y el patronazgo de San Fernando, si bien con el tiempo se cambió a este por Santo Domingo, que ha prevalecido hasta la actualidad.
Durante la Guerra Civil sufrió importantes daños que la inhabilitaron para el uso por los cofrades marrajos en Semana Santa.
Ha sufrido importantes remodelaciones y restauraciones a lo largo de su existencia, la última en 1973, que se hizo notar en la totalidad de la iglesia.
El arco triunfal que separa el presbiterio del resto de la nave es de medio punto, predominando este estilo en el resto de arcos y las capillas, encontrándonos también estas rebajadas y peraltadas.