El edificio del colegio se conservó íntegro hasta finales del siglo XVII, cuando debido a su estado ruinoso, se decide construir uno nuevo que comienza a levantarse en 1701.

Según señalan los padres Roa y Santibáñez, la iglesia comenzó a construirse en 1565.

Respecto a la iglesia indica que la obra avanza: «La obra de la iglesia va muy adelante, cuios muros no se han visto tales en muchos años... que las gentes se admiran quan profundos van...» Sin embargo, la edificación pasaría por períodos de inactividad debido a la falta de recursos económicos.

En 1574, los Jesuitas solicitan autorización al municipio para traer carretas de piedra.

Un año después se concluye la torre de campanas y el reloj.

Para 1585 la iglesia se encuentra techada y tiene terminada la portada principal, diseñada por Francisco de Villalpando.

Ya en el mismo año Campomanes le ruega al obispo de Córdoba que en virtud del decreto indicado en la Pragmática Sanción, le remita un informe referente al uso o destino del templo de Santa Catalina y el colegio homónimo.

Para recalcar la necesaria protección real sobre estas decisiones ante la inacción del obispado, se le obliga al prelado a entregar copia autentificada de la dicha Real Cédula.

Durante el siglo XIX hay pocos hechos destacables, pues durante este siglo no se realizan obras de gran envergadura ni se realizan cambios o añadidos significativos.

En el libro de fábrica se recoge textualmente: " Declara el presente obrero con juramento en forma según su estado y se acredita desu libro de asiento y delos quatro folios que acompañan señalados con el nº de esta partida, que habiéndose trasladado a la dicha Ygª Parroql para su uso y propiedad en ella, el órgano que había enel Convento de Trinitarios Descalzos desta Ciudad, y parte del uno de los dos que había enel Convento de Sn Agustín, con losque, y el que había en la dicha Ygª Parroql que era malísimo, se arreglaron los órganos, habiendo gastado en su traslación, arreglo y reconocimieto de peritos, y demas que expresaron los dichos folios con interbencion del Rector dela citada Ygª Parroql, tres mil trescientos ochenta y dos rs.

de vellón, que se abonan por aora, y sin perjuicio delo quese determine en la aprobación."

quince mrs de vn, losque pagó el presente Obrero, de cuia cantidad se hace abobo por aora, y sin perjuicio deloque se determine enla aprobación."

Las obras las dirige D. Ángel Arranz Gallego, y se traen de Sevilla las ventanas de cristal emplomado que perviven en la actualidad y que venían a sustituir las perdidas en esos días.

Esto supuso una irrecuperable pérdida de gran parte del patrimonio artístico, pues se procedió a retirar el colosal manifestador (que ha perdurado hasta nuestros días como retablo de Nuestra Señora del Desconsuelo) que presidía el centro del retablo mayor, así como gran parte de los utensilios litúrgicos usados por el vetus ordo.

Sr. D. Juan Moreno Gutiérrez, párroco del Salvador y Santo Domingo de Silos.

Los muros están levantados siguiendo la técnica del aparejo toledano, con hileras de ladrillos alternados con mampostería, y desde 2004 revocados.

El crucero se cierra con una bóveda de ladrillo semiesférica decorada con casetones y terminada en una artística linterna.

La cúpula se asienta sobre pechinas (en las que se encuentran los cuatro evangelistas realizados en madera imitando bronce dorado) y sobre cuatro fuertes arcos torales de piedra.

La capilla del Sagrario, situada en la cabecera del brazo del evangelio, presenta tres tramos de bóvedas, separadas por arcos fajones que descansan sobre ménsulas planas, el tramo central es una cúpula encamonada semicircular gallonada sobre pechinas y decorada con yeserías, mientras que los dos restantes se cubren con bóvedas de aristas.

[3]​ El retablo, barroco, está realizado en madera de cedro tallada y barnizada en tono oscuro.

Por último, en la parte superior, el ático, se divide en tres calles, la central con una hornacina que cobija la escultura, tallada, policromada y estofada de Jesucristo Divino Salvador, y a ambos lados de esta sendos estípites.

Por último añadir que todo el grupo escultórico del retablo fue realizado por Pedro Duque Cornejo .

El primer cuerpo del cobija un gran nicho con el grupo escultórico tallado en madera y policromado de Ntra.

del Socorro, a ambos lados de la hornacina hay dos parejas de estípites, y en los extremos del retablo dos aparatosas volutas con las ménsulas en que se apoyan las imágenes de los arcángeles San Miguel (a la izquierda), y San Rafael (a la derecha).

del Desconsuelo: Se trata del antiguo manifestador del altar mayor, realizado por Teodosio Sánchez de Rueda,[3]​ está policromado, tallado, estofado y dorado, en su interior se guardan tres imágenes de candelero, talladas cara y manos en madera policromada, corresponden a Ntra.

Las imágenes se visten con telas de terciopelo bordado en oro fino, encajes y brocados.

Por último el ático está presidido por un cuadro pintado al óleo sobre lienzo con la escena del calvario, el cuadro se corona con un frontón partido curvo sostenido por una pareja de columnas salomónicas, y dos volutas a ambos lados.

Los contras tienen la forma de pisas a la francesa, no originales y 12 puntos (C1-H1), enganchadas al manual.