Esta situación se mantuvo más o menos hasta el año 1521, cuando empezó un proceso evangelizador, que desembocó en la orden de conversión mandada por Carlos V con la ayuda del papa; los musulmanes, bautizados en 1525, se llamarían «cristianos nuevos» o «moriscos».

Así, la antigua mezquita pasó a denominarse capilla con la invocación de San Miguel Arcángel.

En el año 1574 gracias a una bula del papa Gregorio XIII se consigue para Gata la categoría de rectoría (actual parroquia).

Gaspar de Híjar, señor feudal de Gata, se apresuró a buscar nuevos pobladores para evitar la desaparición del pueblo, y en 1611 36 valencianos y mallorquines firman con el señor la Carta Puebla.

En el año 1622 contaba ya con 60 casas y 142 habitantes de comunión, según una visita pastoral.

El templo anterior a éste tendría unas dimensiones similares a la ermita del Santísimo Cristo, por lo tanto la mejora fue sustancial, ahora faltaba la ornamentación interior y la dotación de los elementos necesarios para las celebraciones.

Un rector importante para la parroquia fue Joan Martínez Blasco, llegado a la población de Gata en 1884.

También intervino en el templo, construyó el coro que se levanta a los pies de la iglesia, derrocó altares viejos sustituyéndolos por unos más grandes y modernos, realizó la visión del sagrario y el culto eucarístico con la construcción de la capilla de la comunión, amplió la sacristía y adquirió objetos litúrgicos.

Finalmente, en 1896 restauró el interior del edificio con pinturas y ornamentación de tipo neoclásico.

El aspecto de la iglesia a finales del siglo XIX está descrito en un artículo publicado en Las Provincias en 1897,[6]​ donde excursionistas de Lo Rat Penat dicen: Las reformas y mejoras continúan a principios del siglo XX.

Costó 7.750 pesetas y se construyó en el taller de Pedro Palop, en Valencia.

[7]​ Entre los años 1920 y 1925 se produjo una restauración general del templo promovida por el rector Andrés Escrivá Sancho.

En diciembre de 1939 se adquirió una pila bautismal, realizada en Vilallonga y regalada por Justo Signes Monfort.

La primera imagen adquirida tras la guerra fue una Inmaculada pagada por las Hijas de María en el año 1942, un año después se bendijo la de San Miguel y poco a poco se fueron substituyendo las imágenes perdidas.

Este retablo lo esculpió en madera de pino en 1955 el tallista Ramón Porta Francés.

En los años siguientes se iría ornamentando el interior con mármoles y dorados, acabándose en 1962 costando unas 133.000 pesetas.

[8]​ Autorizada la construcción, comenzaron las obras, encargadas a José Soler y Miguel Simó.

El arzobispo Marcelino Olaechea autorizó estas consagraciones y entregó al templo unas reliquias de San Severino, San Victoriano y Santa Blandina para colocarlas en las bases de los nuevos retablos.

Las capillas laterales, más que capillas son nichos en el muro, se veneran otros santos aparte de San Miguel: al lado del evangelio están el Santísimo Cristo del Perdón, San Antonio Abad, San José y La Inmaculada en el crucero (con un retablo neobarroco reciente, de adornos dorados y de mármol).