Con el legado del presbítero (45 002 pesos y 4 reales) y limosnas, se comenzó a construir la ermita, cuya primera piedra fue colocada el 27 de febrero de 1668, aunque se desconoce la fecha exacta de la conclusión.
Sin embargo, en 1730 la ciudad sufrió el embate de un huracán que devastó la primitiva iglesia, evidenciando su fragilidad estructural.
[1] A pesar de que las puertas del hospital y la iglesia cerraron definitivamente en 1907 y el edificio fue vendido a una empresa portuaria, la iglesia logró ser salvada del destino de abandono gracias a los esfuerzos del historiador Emilio Roig.
Entre 1996 y 1997, se llevaron a cabo excavaciones arqueológicas que revelaron la práctica de servicios funerarios en el templo, documentando entierros de personas de diferentes géneros, edades y estratos sociales.
En su construcción se destaca la fachada barroca, así como la cúpula, y las vidrieras.