En este lugar existió en su día un oratorio dedicado a san Marcos y a Nuestra Señora del Favor, fundado en 1612 por Diego de Vera y Ordóñez de Villaquián.
Treinta y dos años más tarde, el padre Plácido Mirto funda una casa de teatinos en el lugar.
Solo quedó en pie la fachada, gracias a las labores de mantenimiento que realizó Fernando Chueca Goitia durante la guerra.
La iglesia comienza a construirse en el año 1669 por el arquitecto Marcos López.
Sin embargo, el templo no fue terminado hasta 1761, a cargo del arquitecto Francisco de Moradillo.