A últimos del XVI el templo experimentó una transformación radical, pasando a tener tres naves con planta de cruz latina y adoptando el estilo herreriano.
En los siglos XIX y XX el templo sufrió tres calamidades: en 1891 se hundió un arco toral, lo que hizo preciso desmontar la bóveda de crucería gótica; en 1936, al poco de estallar la Guerra Civil, fueron quemados el archivo parroquial, el ajuar litúrgico y parte del mobiliario, y el espacio quedó destinado a parque móvil del Ejército republicano; por último, en 1949 la explosión de un cercano polvorín militar dañó gravemente la fábrica de la iglesia, la cual hubo de ser restaurada por la entidad Regiones Devastadas.
La torre tiene un campanario de tres cuerpos, el inferior cuadrado y los dos superiores, en tamaño decreciente, octogonales.
Actualmente (2011) el retablo se encuentra en restauración gracias a un acuerdo entre Ayuntamiento, Obispado y 2 grandes empresas de la localidad.
Frente a esta pieza se ha colocado un lienzo del XVII titulado Llanto sobre Cristo muerto, atribuido al taller de Alonso Cano.
Aquí estuvo el retablo de Nuestra Señora del Rosario, obra barroca desaparecida en 1936.
Coro Construcción como se dijo del XVIII, poseía un órgano de tubos que fue destruido en 1936.
Fue mandado construir después de la Guerra Civil por la familia García Barroeta-Aldamar, que tiene aquí su enterramiento, y es obra del marmolista conquense Bieto.
El resto del año permanece en su Santuario, en las afueras de la población.
Cuando no está en Tarancón se coloca en el retablo un lienzo del XIX.
Antiguamente ocupaba este lugar el retablo dedicado a Santa Filomena.
En este retablo también se encuentran las imágenes de San Juan y Santa María Magdalena, esta última del escultor conquense Luis Marco Pérez.
Tenía un magnífico retablo barroco, con pinturas e imágenes de bulto, destacando la de Jesús Nazareno, pero fue saqueada en 1936, por lo que las imágenes y el retablo actuales son modernas y sin valor.