Destaca especialmente por una única torre central que muestra una fuerte influencia de la arquitectura gótica alemana.

En 1871, monseñor Anselmo Llorente y Lafuente promovió su restauración tras declararla temporalmente Catedral de San José.

Para su reconstrucción, la Iglesia Católica y el Gobierno costarricense intercambiaron terrenos, por lo que La Merced sería reconstruida en el terreno que ocupaba el Teatro Municipal y en el lugar donde estaba la primera iglesia se edificó el Banco Central.

En 2016 se denunció en la prensa que el templo había caído de nuevo en el deterioro.

Las autoridades aceptaron la situación y agregaron que se negaban a construir un museo en el templo.

Su obra más apreciada y valiosa, sin embargo, es un imagen de Cristo Agonizante, del artista Manuel María Zúñiga, quien se retrató a sí mismo desnudo sobre una cruz para luego realizar la escultura, por lo cual la anatomía y las heridas del Cristo son bastante realistas.