Constituye la primera iglesia y principal sede de la Orden mercedaria en el país, y por ello lleva el título de Basílica.

La construcción comenzó en 1701, la torre se completó en 1736 y la basílica fue consagrada en 1747.

El retablo mayor fue tallado y construido por Bernardo de Legarda.

En su sacristía así como en el interior de la Iglesia, se encuentran varias obras del artista Víctor Mideros.

La biblioteca de la Merced se despliega en dos plantas del ala norte de Convento y tiene acceso por el piso inferior, como por el superior.