Consiste en varias áreas de humedales distintas:[1] Los lagos de Pátzcuaro y Cuitzeo han estado conectados en el pasado al sistema del río Lerma.
El clima es templado, con lluvias que ocurren principalmente en el verano.
Las plantas acuáticas en los lagos y canales incluyen Potamogeton illinoensis, Scirpus pectinatus, tule (Typha latifolia), totora (Typha domingensis ) y nenúfar amarillo (Nymphaea mexicana).
El sauce Salix bonplandiana, conocido como ahuejote, es un árbol característico de los humedales.
Es probable que otras dos especies endémicas estén extintas; la polluela amarillenta (Coturnicops noveboracensis) no se ha visto desde 1964, y el zanate extinto (Quiscalus palustris) no se ha visto desde principios del siglo XX.