Se acordó que el mejor lugar para levantar el nuevo edificio era el Egido del Calvario, frente a la calle Córdoba, llamada hoy "Moreno de Pedrajas" en honor del fundador del hospital, y se encargó al arquitecto Amador Rodríguez la elaboración de planos y presupuestos.
En la parte trasera del edificio se encontraban la sacristía, la cocina, los dormitorios de las hermanas que atendían el hospital, y otra serie de dependencias.
Se dispuso que la asistencia médica fuera realizada gratuitamente por los médicos titulares de la localidad y que el coste de los medicamentos consumidos fuera abonado por el ayuntamiento del municipio.
Los presupuestos de ingresos y gastos que se confeccionaban anualmente oscilaron hasta el año 1936, fecha del comienzo de la guerra civil española, entre las 9.234 y las 11.000 pesetas.
Pero en 1931, con el advenimiento de la II República, los donativos del vecindario disminuyeron y el Ayuntamiento de la localidad, aunque en un principio deseó hacer numerosas mejoras, apenas contribuyó en esos años al engrandecimiento del hospital.
Al estallar la guerra civil española en 1936, el bando republicano se incautó del Hospital de Jesús Nazareno, para poder atender a los heridos de guerra.
En un principio las Hermanas de Jesús Nazareno fueron respetadas, siguiendo las órdenes del alcalde del municipio, Julián Caballero Vacas, que prohibió que se las molestase bajo ningún concepto, llegando incluso a amenazar con pérdida de vida a aquel que agraviase a las hermanas.
Durante la Guerra Civil, desaparecieron o fueron destruidas todas las imágenes religiosas del edificio.
En 1967 se hundió el tejado de la enfermería de mujeres y al arreglarlo, se amplió el ala izquierda del edificio, construyéndose una habitación junto a aquella enfermería.
El presbiterio se encuentra elevado un peldaño por encima del nivel de la Iglesia, y en él se halla el altar, de granito, y en los laterales del presbiterio hay sendas puertas que conducen a la sacristía.
Destaca también la imagen de San Benito que se venera en este templo y que siempre ha gozado de gran devoción entre los jarotes.