El estudio sobre la historia de la sífilis abarca un período amplio desde la Prehistoria mediante la paleopatología, pero las primeras fuentes escritas aparecen a finales del siglo xv, cuando se identifica la enfermedad en Europa.Existen varias hipótesis sobre su origen, que se diferencian principalmente en considerar si procede o no de América.Las otras afecciones que implican a los humanos son la pinta (T. carateum), el bejel o sífilis endémica (T. pallidum subsp.Todas, excepto la pinta, afectan al hueso[1] y tienen como causa bacterias de la misma especie, T. pallidum, con una divergencia entre los genomas menor del 0.2 %.Por tanto, se cree que el fósil de Homo erectus estuvo afectado por una cepa no relacionada con las actuales.[9][10] En la Alemania del siglo xv se denominó a esta y otras dolencias como el sudor inglés con el nombre de «nuevas enfermedades» (nuwe krenckte),[11] debido a la ausencia en los textos clásicos de descripciones que encajaran con ellas; la lúes es el ejemplo más característico.
Tibias con treponematosis procedentes de Brasil, de 3000 años de antigüedad. Es característico el engrosamiento anterior que se ve en la pieza de la izquierda.