El tiempo, el río y la tierra terminaron sepultando a Santa Fe la Vieja[7][8] (así llamada históricamente).
El Cabildo y la Iglesia Matriz ya estaban finalizados para entonces, en un pequeño pueblo de 25 casas sin murallas ni fortificaciones.
[10][11][12] En el siglo XX, después de 300 años, Agustín Zapata Gollán encontró el lugar exacto de la ciudad original (cuyo registro el cabildo local no había mantenido oportunamente), y se fundó allí un Museo Arqueológico conmemorativo.
Sin embargo, el descontento se acrecentó debido a las dos contribuciones forzosas al virreinato y el nulo entusiasmo con el que era recibido el nombramiento de Cisneros como virrey,[20] unido al creciente fervor revolucionario.
[23] Depuesto el anterior teniente, Prudencio Gastañaduy, la Junta designó al español Manuel Ruiz como su reemplazante, haciendo caso omiso a los pedidos de que fuera el santafesino Francisco Candioti.
[26] En su corto gobierno, Candioti intento apaciguar la frontera con el indígena, creando fortines y mandandoles frailes franciscanos, y envió a Buenos Aires a Mariano Vera para resolver el conflicto.
Era la primera vez que Santa Fe se enfrentaba a los porteños por las armas.
Mariano Vera sería elegido gobernador de Santa Fe en las elecciones siguientes.
Siendo las vísperas del Congreso de Tucumán, Santa Fe enviaría a Juan Francisco Seguí como diputado, aunque poco después tendría que retornar a Santa Fe sin cumplir su tarea, y Buenos Aires dejaba sin valides lo estipulado en el pacto de Santo Tomé.
[29] Días Vélez retomaría la ciudad el 25 de julio, ya que Vera, aconsejado por Estanislao López, decidió retirarse con sus fuerzas a las afueras de la ciudad, y hostigo a las fuerzas porteñas los siguientes días.
[31] Asumiendo López las funciones de gobernador, el director Pueyrredón, que había dejado en paz a Vera, intento atacar a Santa Fe por dos frentes, uno con un gran ejército desde Buenos Aires, al mando del general Juan Ramón Balcarce, y otro proveniente de Córdoba, al mando del coronel Juan Bautista Bustos.
[36] En 1820, López se establecería en Santa Fe, aunque pronto tendría que enfrentar ataques indígenas en el noroeste de la ciudad, Rincón y Coronda, mandando a construir un foso desde la laguna Grande (hoy laguna Setúbal) hasta el río Salado, a modo de defensa.
En 1920 comenzó a construirse un puente-acueducto de cemento armado, pero solo pudo terminarse un solo pilotaje, pues las aguas no descendían.
En la mayoría de las discusiones dos grupos evidenciaron su ideología, dos sectores arraigados en el pasado histórico argentino, que definían una posición espiritual acorde con las corrientes políticas del momento.
Por un lado, la corriente liberal, con Gorostiaga, Seguí, Gutiérrez, Zapata, Huergo y otros, identificados con el pensamiento de aquellos; por otra parte, la tendencia conservadora, con el doctor Zuviría a la cabeza, Pedro Centeno, Manuel Leiva, Fray Manuel Pérez y otros delegados menos apasionados.
El doctor Leiva ha querido que se introduzcan en ios textos las profesiones de fe.
Es un sacerdote precisamente —el padre Lavaisse, de Santiago del Estero —, quien le ha salido al cruce.
Ha sostenido este sacerdote que la Constitución no puede intervenir en las conciencias, sino regular solamente el culto exterior.
Ya por ahí lo tildan de hereje y, para conjurarlo, algunos, a su paso, cruzan dos dedos.
A propuesta del diputado Gorostiaga fueron firmando los señores constituyentes por el orden alfabético de las provincias, el texto constitucional.
En Santa Fe, ese mismo día, don Domingo Crespo, su gobernador, organizaba una recepción en honor de los constituyentes.
Ello dio lugar a discusiones, por la cantidad de lugares y asentamientos que se planteaban.
Pero el primitivo Cayastá se funda en 1750 y es una reducción de indios, a orillas del Saladillo Amargo.
Los colonos de la Colonia Cayastá, fundada hacía 100 años, llamaban a un lugar al sur del poblado Santa Fe Viejo.
Cuando se descubrieron las ruinas el gobierno provincial les expropio las tierras, dándole una mínima compensación monetaria.
En julio de 1949 inició los trabajos comenzando por una loma donde se habían colocado las placas en homenaje al fundador.
Guillermo Furlong Cardiff, quienes visitaron las ruinas en 1952 y elevaron un detallado informe que les fue aprobado gracias a los planos, fotografías y croquis que demostraban fehacientemente la autenticidad de los hallazgos como pertenecientes a la antigua Santa Fe, fundada por Garay en 1573.