[1][2] Se compone de un dominio globular principal y una cola larga N-terminal.
Las otras familias de histonas son: H1, H2A, H2B y H4.La cola N-terminal de H3 sobresale del nucleosoma central y es susceptible a modificaciones postraduccionales que influyen en procesos celulares.
Estas modificaciones incluyen la unión covalente de grupos metilo o acetilo a aminoácidos lisina y arginina y la fosforilación de serinas o treoninas.
La acetilación de la lisina K14 se ha identificado comúnmente en genes en transcripción activa en ARN (ver H3K14ac).
Estas tienen secuencias altamente conservadas, diferenciándose entre sí tan solo en unos pocos aminoácidos.