Pero esta situación que acabó con sus aspiraciones de ser médico le abrió las puertas a su incipiente carrera musical.
Durante su infancia y temprana juventud, Hernán Rojas no mostró inquietud alguna por la música y fue solo hasta que llegó a Argentina que tuvo su primer contacto con la interpretación musical, cuando con algunos compañeros de la facultad se reunía frecuentemente para recordar la música de su tierra.
Se trataba del empresario Francisco Trimboli, quien los invitó a presentarse en el restaurante Tom y Jerry.
Tiempo después grabó la cumbia “El pescador”, del maestro José Barros, con lo cual se catapultaron las ventas y la popularidad de este grupo.
Marcó un hito a nivel sociocultural en Argentina, que se volcó hacia la cumbia donde antes solo había espacio para el tango y algunos aires cubanos y brasileros, convirtiéndose este ritmo en el preferido durante la década del 60, tiempo en el cual, según la Sociedad Argentina de Autores y Compositores (SADAIC), no había un solo minuto del día en que no estuviera sonando en cualquier emisora del país la música de Los Wawancó.
Tal fue el éxito con este grupo, que tuvo la oportunidad de participar en varias películas y realizar numerosas giras, visitando países como Ecuador, Perú, Chile, Bolivia, Uruguay, Paraguay, México, Estados Unidos, Inglaterra, Grecia, Suiza, Italia, Austria, España, Francia, entre otros.
En 1981 regresó a Colombia atraído por la nostalgia, y con la intención de hacer carrera en su país fundó en 1982 la agrupación Los Warahuaco.
La canción que le dio nombre a este disco ha sido considerada como un himno de la música tropical.
En este ámbito aparecen nombres como Leo Dan, Palito Ortega, Chico Novarro, Helí Toro, Tormenta, Leonardo Favio, Pastor López, Rodolfo Aicardi, Lisandro Meza, Roberto Cantoral, Julio María Sanguinetti, entre otros.
Sus gustos musicales se centraron principalmente en el folclor latinoamericano, aunque también disfrutaba la música clásica, en especial la de Vivaldi.
Aunque nunca se graduó como médico, sus conocimientos en la materia le sirvieron para brindar ayuda en más de una ocasión.