Por traslado laboral del padre, la familia se instaló en 1923 en Oviedo, y Rafael ingresó como externo en el colegio San Ignacio de Loyola, también jesuita.Sufrió entonces unas fiebres palúdicas no muy graves, de las cuales se repuso en cuanto volvió a su hogar en Oviedo.Tras irse recuperando gracias a los cuidados familiares, consiguió reingresar, pero ya sólo en calidad de oblato, pues la enfermedad le impedía observar la regla trapense: necesitaba dos inyecciones diarias de insulina y seguir un régimen alimenticio estricto.Aún tuvo que abandonar el monasterio dos veces más: entre septiembre y diciembre de 1936, al ser llamado a filas en Burgos por la Guerra Civil, hasta ser declarado inútil por su enfermedad; y entre febrero y diciembre de 1937, por empeorar de nuevo su salud, pasando esos meses en Villasandino con su familia, que había dejado temporalmente Oviedo.[3] Para ello, se reconoció como milagrosa la curación de una joven palentina atropellada por un tractor y desahuciada por los médicos.
Tumba del santo en la Iglesia del Monasterio de San Isidro de Dueñas (La Trapa).