[1]​ La hermandad se fundó en el año 1448 en la Casa Grande de San Francisco.

Según algunos autores, en el año 1370 ya se reunían devotos de la Vera Cruz en este convento para dar culto al Santo Madero.

La Vera Cruz es una advocación adoptada por muchas de las cofradías españolas más antiguas.

En 1810, los durante la invasión francesa, el ejército invasor arrasó el convento y la hermandad tuvo que salir de la capilla.

[3]​ Durante la procesión, muchos fieles se acercan a besar dicho relicario.

En el año 2012, la hermandad realizó su estación de penitencia acompañando solamente al relicario del Lignum Crucis, debido a las inclemencias meteorológicas.

[3]​ Tras muchos años discurriendo en silencio, desde 2007 se ha incorporado música a la procesión del Lunes Santo.