El rey encargó a Percy y a su hijo Henry (conocido como Hotspur, "espuela caliente") sofocar la rebelión de Owain Glyndŵr, pero sus intentos de hacer la paz con los rebeldes galeses no contaron con la aprobación real.

En 1403, los Percys se rebelaron contra Enrique IV en favor de Edmund Mortimer, Conde de la Marca y, pasaron a conspirar con Owain Glyndŵr contra el rey.

Glyndŵr recibiría Gales, y una parte sustancial del oeste de Inglaterra, a Percy le correspondería el norte de Inglaterra, así como en Northamptonshire, Norfolk, Warwickshire, y Leicestershire y los Mortimer obtendrían el resto del sur de Inglaterra, más allá del río Trent.

[1]​ Los rebeldes fueron derrotados en Shrewsbury, donde perdió la vida el hijo de Percy.

En 1408 Percy invadió Inglaterra en rebelión una vez más, muriendo en la Batalla de Bramham Moor.

Él es un personaje importante en Mi Señor John de Georgette Heyer.