Fue educada en el seno de en una familia judía asimilada - su padre, Wilhelm Rosenbach, era un prestigioso abogado - sin vínculo religioso al judaísmo.Su madre, Regina Rosenbach, aparece descrita por los historiadores como una mujer "autoritaria, conformista, poco afectuosa e insatisfecha".Cuando fue elegido parlamentario en Viena, Helene lo siguió poco tiempo después para instalarse junto a él en esa ciudad, en 1907.También en este período comenzó a trabajar como médica asistente en la clínica psiquiátrica universitaria de Viena.Durante la primera guerra mundial es asistente en la clínica del profesor Julius Wagner von Jauregg en Viena.[12] En 1917 nació su hijo Martin Deutsch, quien más tarde se convertiría en un físico atómico notable por sus experimentos con positrones.Freud interrumpió, sin embargo este tratamiento, porque según él no podía encontrar en Helene Deutsch indicadores de una neurosis.Este instituto à la Karl Abraham, seguía el modelo diseñado por él en Berlín para la formación profesional de los psicoanalistas, en la tradición de tres pilares que hasta hoy se mantiene vigente: Helene Deutsch dirigió este instituto hasta su emigración hacia Estados Unidos en 1935.
