Para la temporada 2000 juega en el Atlético Bucaramanga en donde es entrenado por Peinadito Ospina y luego por el mundialista Barrabás Gómez.
En el tramo final de su segunda etapa en Millonarios (2003-2005) nunca bajó su nivel deportivo y hasta jugó lesionado en un partido contra el Centauros Villavicencio, donde tuvo un choque con "Palmira" Salazar.
Por la magnitud de la lesión prácticamente ese día Héctor puso punto final a su carrera.
A pesar de que nunca ganó un título oficial se le destacó su amor y entrega por la camiseta en la peor época del club.
Luego regresaría a ser el preparador de arqueros del nuevo entrenador italiano Edgar Martínez Fracchia.
En el primer semestre del 2022 asiste a Sergio Migliaccio en el Club Deportivo Jorge Wilstermann de Bolivia, allí logra dirigir 2 partidos como interino.