Desde la desaparición del Endurance y debido a las penalidades del esfuerzo físico que había realizado, se rebeló durante unos días negándose a obedecer las órdenes y cuestionó el liderazgo de su capitán, Shackleton, en lo concerniente a arrastrar los botes sobre el hielo con el resto de la tripulación aduciendo los alcances del contrato con la expedición.

[1]​ Una vez en la isla Elefante, reacondicionó levantando bordas y embovedando el pequeño bote, bautizado como James Caird, en el que Shackleton y cinco hombres más (incluido McNish, a quien se llevó para evitar más rebeliones) realizaron un viaje de más de 1000 kilómetros hacia las islas Georgia del sur para buscar ayuda para el resto de la tripulación.

[17]​ Durante la primera etapa del viaje a la Antártida desde Buenos Aires se le mantuvo ocupado con una serie de tareas rutinarias.

A McNish le llevó solamente dos horas hacer un agujero en la cubierta por el cual se pudo sacar una gran cantidad de provisiones.

[23]​ Una noche, durante su turno de guardia y mientras la tripulación dormía acampada sobre el hielo, se rompió un pequeño trozo de la banquisa, en la parte donde él estaba, que comenzó a separarse, siendo rescatado gracias a que los hombres del turno siguiente acudieron en su ayuda y le lanzaron una cuerda, con lo que pudo volver a la seguridad.

[25]​ Al parecer McNish nunca perdonó a Shackleton que diese esa orden.

[26]​ McNish propuso construir una embarcación más pequeña con los restos del buque, pero no fue aceptado, debido a que Shackleton había decidido seguir el viaje arrastrando los tres botes salvavidas encima de trineos sobre el hielo hasta encontrar aguas libres.

Plasmó estos sentimientos en su diario con su particular estilo coloquial:[23]​ Mientras iban arrastrando, con mucho sufrimiento, los trineos a través del hielo, McNish se rebeló negándose a ponerse el arnés cuando le llegó su turno.

Shackleton no pasaría por alto este enfrentamiento con McNish y tendría consecuencias en el futuro.

Como los suministros empezaban a escasear, el hambre se adueñó del grupo.

[23]​ En la travesía a la isla Elefante, McNish fue en el James Caird con Shackleton y Frank Wild.

Shackleton le pidió a McNish que pusiese el James Caird en óptimas condiciones de navegabilidad para el largo viaje, y además fue seleccionado como parte de la tripulación,[1]​ posiblemente porque Shackleton le consideraba problemático y tenía miedo a cómo podría afectar a la moral del resto de hombres si le dejaba en la isla.

Más tarde admitió que la tripulación no podría haber sobrevivido al viaje sin él.

Los seis hombres se dividieron en dos grupos que hacían un turno de cuatro horas cada uno: tres de los hombres manejaban el bote, mientras que los otros tres permanecían echados bajo la lona intentando dormir.

Era evidente que McNish y Vincent no podían continuar, por lo que Shackleton les dejó al cuidado de McCarthy: les sirvió como refugio el James Caird puesto boca abajo.

Los otros tres, Shackleton, Worsley y Crean hicieron el peligroso viaje a través de las montañas.

Se estrecharon la mano, les deseó buena suerte y luego Shackleton lo envió de vuelta.

Puso a McNish al mando de los demás hombres y le encargó que esperasen a que les llegase ayuda, pero si no la habían recibido para cuando acabase el invierno, debían navegar en el bote hasta la costa oriental.

Después de ver cómo estaba Mcnish de demacrado cuando llegó a la estación ballenera, Shackleton anotó que, en su opinión, el rescate había llegado justo a tiempo para él.

Shackleton lo omitió por completo en Sur, su relato sobre la expedición, y se refiere sólo de pasada al asunto en su diario: "Todos trabajaban bien excepto el carpintero.

Macklin consideró que la negativa a conceder a McNish la medalla era injustificada: Macklin cree que Shackleton pudo haber estado influido en su decisión por Worsley, quien estaba enemistado con McNish, siendo mutua la antipatía.

Después de la expedición, McNish regresó a la marina mercante y trabajó en diferentes buques.

Aunque se menciona con frecuencia en su diario, parece que McNish no era el padre de Nancy.

[4]​ Pasó 23 años de su vida en la marina y finalmente encontró trabajo en la New Zealand Shipping Company.