En 1990 fue nombrado miembro de la Royal Society de Londres y en 1996 fue nombrado sir por la reina Isabel II del Reino Unido.Aunque fue criado como judío, ha afirmado que la religión nunca tuvo ningún sentido para él,[2] siendo además un distinguido partidario de la Asociación Humanista Británica.En 1996 fue galardonado, junto a Curl y Smalley, con el Premio Nobel de Química «por el descubrimiento de los fulerenos».Kroto se denomina a sí mismo como un devoto ateo.El 15 de septiembre de 2010, Kroto, junto con otras 54 figuras públicas, firmó una carta abierta publicada en The Guardian, para manifestar su oposición a la visita de Benedicto XVI a Inglaterra.