Hay varias teorías sobre el origen del haplogrupo R1a y están generalmente relacionadas con las migraciones indoeuropeas.
Sin embargo estas teorías parecen referirse en realidad a R1a1a, ya que la presencia de la mutación M17 es la más común en la población y está ampliamente documentada.
Debido a la presencia de raros subclados basales en Irán y este de Turquía, se ha sugerido que R1a (M420) se habría originado en las cercanías de Irán hace unos 25 mil años; mientras que su subclado más frecuente, R1a1a1 (M417), tendría un origen europeo hace unos 5800 años,[2] por lo que podría estar relacionado con el pueblo protoindoeuropeo.
(2000)[4] propone el origen en Oriente Próximo si tomamos en cuenta la idea de que aquí se habrían originado las lenguas indoeuropeas.
Los subgrupos R1a presentan la siguiente distribución:[14] Se encuentra poco en el Cercano Oriente: pequeñas frecuencias en Irán, Turquía, Emiratos Árabes Unidos, Omán y en el Cáucaso.