A partir de 1972 Oppenheimer ha trabajado como pediatra clínico en Malasia, Nepal y Papúa Nueva Guinea.
De 1990 a 1994 sirvió como presidente y jefe del servicio clínico en el departamento de la pediatría en la universidad china de Hong Kong.
Entre 1994 y 1996 trabajó como pediatra en Brunéi.
Oppenheimer volvió a Inglaterra en 1996, y comenzó una segunda carrera como investigador y escritor de ciencia popular en prehistoria humana.
Sus libros sintetizan genéticas humanas con arqueología, antropología, lingüística y folklore.