Se mantuvo en el cargo un año y luego regresó a Lima.

Convertido en colaborador del virrey Toledo, recibió como nuevo encargo efectuar la visita de las provincias situadas entre Lima y Piura.

Durante esta labor, redactó las ordenanzas para la ciudad de Trujillo (1564).

Nuevamente en Lima, puso en marcha el proyecto de la primera reducción de Lima, conocida como Santiago del Cercado (1570-1571).

En ausencia del virrey, presidió las elecciones del Cabildo, sin embargo sería nuevamente suspendido y sujeto a juicio de residencia.