Posteriormente ingresó en el taller del Perugino, por la misma época que Rafael.
Como artista independiente trabajó en Florencia y Siena, donde decoró el Palazzo Petrucci (hacia 1508), junto a Timoteo della Vite.
Sin embargo, Francesco Maria fue expulsado de sus dominios por el papa León X. Genga le siguió a Mantua y Pesaro.
Se encargó asimismo de diseñar la nueva ala del palacio, formado por un cuerpo cuadrangular, con logias en las esquinas y en su parte interior formado por una estructura ovalada.
En sus últimos años, Genga vivió retirado en su propiedad de las inmediaciones de Urbino, realizando sólo ocasionalmente algún diseño a lápiz o tinta.