De esta época datan sus obras Iter Perusinum y Libro d'amore di carità.

Ya cincuenta años antes Clemente VI había prohibido este tipo de actos por considerarlos heréticos, y ahora por cuestiones de orden público la Signoria de Venecia les prohibió la entrada en la ciudad, pero desafiando esta disposición, Dominici organizó con ellos una multitudinaria procesión que acabó siendo disuelta por las autoridades.

Su desobediencia le costó ser desterrado de la república por cinco años.

Parte de su epistolario sería publicado ya en el siglo XIX en Lettere di santi e beati fiorentini.

Se cuenta, aunque no está claro si es una leyenda, que cuando el Capitán general de la Iglesia Carlo Malatesta leyó públicamente la renuncia de Gregorio XII, Dominici depuso sus insignias cardenalicias en señal de renuncia al capelo, pero los asistentes le forzaron a permanecer en el puesto.