Contemporáneos de Orsini en este grupo de prelados fueron Ascanio Sforza, Rodrigo Borgia, los tres Della Rovere (Giuliano, Girolamo y Domenico), Rafaelle Riario, Giovanni Giacomo Schiaffinati, Lorenzo Cibo, Antonio Pallavicino y Federico Sanseverino.

Cuando llegaron a Roma en ayuda del papa las tropas de Roberto Sanseverino, Giambattista entregó su feudo de Monterotondo y firmó la reconciliación con el papa, que posteriormente le restituyó las tierras.

Giambattista volvió a su legación en las Marcas, y en 1490 fue nombrado administrador apostólico de Tarento, que mantendría hasta 1498,[11]​ aunque nunca residió en su diócesis.

En el cónclave que siguió la elección se disputaba entre los cardenales Borgia, Della Porta, Costa, Caraffa, Michiel y Piccolomini, pero las intrigas de Ascanio Sforza y los manejos simoniacos de Borgia dieron el papado a este último.

[21]​[22]​ La situación en Italia seguía en un estado constante de guerra: en el Adriático los turcos atacaban a Venecia, en el sur de la península se enfrentaban franceses contra españoles, en el norte Francia había ocupado Milán y en el centro Florencia atacaba Pisa, mientras por su parte César Borgia (hijo del papa) había conquistado Forli, Pésaro, Rímini, Piombino y Faenza, en la Romaña, y avanzaba hacia Bolonia.

La represalia alcanzó a todos sus parientes: Paolo y Francesco fueron ejecutados en Città della Pieve, y el 22 de febrero el cardenal apareció muerto en su prisión, con sospechas de haber sido envenenado.