Fue fundado en 1914 por los hermanos José María Samper Brush y Tomás Samper Brush (quienes donaron los terrenos donde hoy se encuentra el colegio), el educador colombiano Agustín Nieto Caballero, el escritor Sebastian Lenert Rosas y Ricardo Lleras Codazzi.
Actualmente esta catalogado como Monumento Nacional de Colombia debido a su importancia histórica y arquitectónica.
Grados en los cuales se infunde la pedagogía basada en los Centros de Interés que inspiró Ovidio Decroly.
El cuarto momento de la vida escolar en el Gimnasio Moderno se denomina semestralización o cuarta sección, que comprende dos semestres para el grado décimo y dos semestres para el grado undécimo, 17 y 18 años respectivamente, que es cuando los estudiantes cercanos a la mayoría de edad en Colombia, reciben su diploma como bachilleres académicos.
Así mismo, el alumno confía en que las decisiones del maestro siempre serán los más rectas y justas posibles, creando una ambiente donde el respeto por el otro es la regla fundamental.
[4] El Aguilucho, revista del Gimnasio Moderno, es la publicación escolar más antigua de Colombia.
Aunque en sus primeros años funcionó como un semanario, en la actualidad El Aguilucho es publicado semestralmente, en los meses de junio y diciembre.
Su contenido varía entre artículos de crónica, opinión, caricatura, poesía, ensayo y humor.
Ha asistido a diversos Modelos de las Naciones Unidas en Bogotá y al NHSMUN en Nueva York dos veces consecutivas, dónde ha sido galardonado.