Complicado Federico II en mantener Austria, sostuvo una larga disputa con el emperador Federico II Hohenstaufen, durante la cual fue sometido a una prohibición imperial.

Aunque deseoso de la unión, Wenceslao I de Bohemia sin embargo, expresó su preocupación, dado un acuerdo preexistente por el que Gertrudis se casaría con su hijo mayor y heredero Ladislao.

Otras fuentes afirman que ella estaba enamorada de Ladislao.

En 1250 Gertrudis tuvo un segundo hijo, una niña, a quien llamó Inés en honor de su abuela materna.

Gertrudis perdido el favor de la curia y con ella la posibilidad de recuperar los dominios de Babenberg, Austria y Estiria cuando ella se negó a casarse con Floris, el hermano del conde Guillermo II de Holanda, que también era el candidato favorito del papa Inocencio IV.

La aristocracia aceptó a Margarita y Otakar como gobernantes de Austria.

Sin embargo, después de no poder establecerse como duque de Austria, Román dejó a Gertrudis y su hija para volver a Hungría.

Entregado a Carlos de Anjou, permaneció en prisión degradante en el Castel dell'Ovo en Nápoles hasta su decapitación pública en la Piazza del Mercato en Nápoles el 29 de octubre.

Al año siguiente, Gertrudis fue exiliada y perdió en su pretensión a Windisch-Feistritz.

Otras reclamaciones de Gertrudis se perdieron en última instancia, cuando Rodolfo I de Habsburgo le concedió ducados a sus propios hijos en 1282.