Fue el hijo mayor del matrimonio de Germán Leguía Haro y María Matilde Martínez Boullón.

[1]​[2]​ Se trasladó a Cajamarca, donde estudió en el Colegio Nacional San Ramón, titulándose de profesor en 1875.

En ese mismo año fundó el Instituto Lambayeque, colegio de educación secundaria que subsistió hasta 1887.

Editó la revista El Fénix, vocero del club liberal Fraternidad y Progreso (1887-1892).

[3]​ En 1902 aparece figurando en la primera junta directiva del Partido Liberal, cuyo presidente era Augusto Durand.

Conformaban su gabinete Melitón F. Porras (Relaciones Exteriores), Alberto Salomón (Justicia e Instrucción), Fernando Fuchs (Hacienda), Salvador Olivares (Fomento), Gerardo Álvarez (Guerra) y Juan Manuel Ontaneda (Marina).

Durante su gestión ministerial, se encargó de fortalecer el autoritarismo del gobierno, para cuyo fin desató una implacable política de persecución contra todos los adversarios del régimen, ya fueran reales o supuestos.

[13]​ Desacató los mandatos judiciales, expropió el diario La Prensa, pisoteó el fuero parlamentario, persiguió, encarceló y exilió a los adversarios del régimen, habilitó la isla de San Lorenzo como prisión política.

Esta medida fue saludada con alborozo por la ciudadanía, pero originó un conflicto entre el Poder Ejecutivo y el Poder Judicial, este último presidido entonces por Carlos Eráusquin, que consideró arbitraria esa decisión y dispuso que la Corte Suprema amparara los recursos de habeas corpus presentados por los afectados.

En todo caso, Germán Leguía resultó víctima del régimen represivo que él mismo había ayudado a construir.