En 1906 fue nombrado jefe de la expedición militar que acudió a defender la región del río Heath, invadida por tropas bolivianas.

[2]​ Fue el primer comandante del crucero Coronel Bolognesi, adquirido en el primer gobierno de José Pardo, haciendo el viaje que lo trasladó de Inglaterra al Callao (1907).

Se dio entonces una resolución suprema por la que se desaprobaba la conducta de Garezon, que fue firmada por el mismo Ontaneda, quien poco después renunció aduciendo motivos de «delicadeza personal».

También sirvió en la Compañía Peruana de Vapores y presidió la Asociación Nacional Pro-Marina.

De esa manera, pudo Leguía subir al poder, iniciando su segundo gobierno que después sería conocido como el Oncenio.