En 1911 fue nombrado vocal titular de la Corte Suprema del Perú, siendo elegido su presidente para el periodo 1920-1921.

Pronto surgió un conflicto de intereses entre ambos poderes, el Judicial y el Ejecutivo, debido a las decisiones arbitrarias que este último tomó para reprimir a los opositores al régimen, entre otras medidas que menoscababan la autonomía del Poder Judicial.

Por esta se ordenaba la expulsión de los extranjeros considerados perniciosos para la sociedad, sin respetar sus garantías individuales y usando solo como justificación el bienestar público.

La tesis del gobierno era que el habeas corpus no existía para los delincuentes, y propugnó la creación de jueces especiales o ad hoc para delitos políticos.

Pese a todo, Eráusquin se mantuvo firme en la defensa de la independencia del poder judicial.