Sin embargo, por el hecho de organizar una huelga en contra de los malos profesores y el confesionalismo católico obligado, es expulsado de esta institución junto con otros estudiantes (entre ellos el abogado y político conservador Mario Aramburo Restrepo), por el entonces decano Miguel Moreno Jaramillo.
Por ello, debe trasladarse a Bogotá, donde termina sus estudios en la Universidad Nacional de Colombia.
En la década de los años 30 entra en contacto con Jorge Eliécer Gaitán y Alfonso López Pumarejo, y apoya a este último dado que su plataforma ideológica era la más cercana a los postulados socialistas.
Gerardo Molina obtuvo 5 votos; José Gómez Pinzón, 2; y Luis López de Mesa, ninguno.
Gerardo Molina señaló la necesidad de que la Universidad se consolidara como un proyecto de carácter verdaderamente nacional, a través del contacto con las diversas regiones del país.