Canguilhem entró en la École Normale Supérieure en 1924; en su misma clase estaban quienes serían grandes figuras del pensamiento y de las letras.
Por cierto, que —usando el seudónimo "Lafont"—, Canguilhem fue un miembro activo de la Resistencia francesa, mientras ejercía como médico en la Auvernia.
Siete años más tarde, fue nombrado profesor en La Sorbona y sucedió a Gaston Bachelard como director del Instituto para la Historia de la Ciencia, una posición que ocuparía hasta 1971, momento en el comenzó una activa carrera como docente emérito.
Esta creencia no impidió que fuera considerado con afecto por la generación intelectual que surgió en escena en los años 60, tales como Gilles Deleuze, Jacques Derrida, Louis Althusser, Jacques Lacan y Michel Foucault, pero es sobre éste sobre quien claramente tuvo ascendencia (y, a su vez, él no dejó de reconocer los hallazgos epistemológicos de Foucault).
En segundo lugar, en vez de intentar explicar la estructura y el funcionamiento del organismo a partir de la máquina, intentará probar que el organismo tiene una prioridad lógica e histórica sobre la máquina que lo compone.
A su entender, es necesario tomar en cuenta esto, pues no es nada fácil, tampoco en el contexto de la fisiología, definir dichos conceptos.