En 1667 se casó con Sarah Neesham, con la que tuvo siete hijos hasta la muerte de ella en 1678.
El anciano Baxter languideció en prisión durante 18 meses hasta que fue liberado por indulto real.
Al parecer, por aquel entonces sufría de piedras en el riñón, lo que seguramente empeoró su temperamento violento.
Aproximadamente unas 320 fueron ejecutadas, la mayoría tras haberse declarado culpables después de que se les prometiera clemencia.
Murió, supuestamente por su enfermedad del riñón, mientras se hallaba bajo custodia en la Torre de Londres.
Peter ad Vincula en la misma Torre, y trasladado a St Mary Aldermanbury en 1692.