En 1759 fue designado County Clerk del Condado de Úlster, Nueva York, cargo que ocuparía durante los siguientes 52 años.Durante varios meses participó en la guerra, al igual que su hermano James Clinton que también era un General patriota, interviniendo durante la Campaña de Saratoga, entre otras acciones.Como gobernador, Clinton fue conocido por su odio contra los "tories", es decir, los colonos que apoyaban a la Corona inglesa y se oponían a la independencia de las Trece Colonias que formarían los Estados Unidos.Confiscó y vendió tierras de estos americanos lealistas para así ayudar a mantener los impuestos bajos.El mismo año de la fundación del partido se celebraban elecciones presidenciales.Así que técnicamente Clinton era en realidad candidato a Presidente, pero los electores de su partido tenían instrucciones de votar por Washington como primera opción y a Clinton sólo como segunda opción; para que así este último fuera elegido Vicepresidente.Así que por 77 contra 50 Adams le ganó a Clinton y fue reelegido como Vicepresidente; pero aunque perdió la elección vicepresidencial, Clinton logró ser reelegido Gobernador en Nueva York contra el candidato federalista a ese cargo.En los estados en que la designación de electores se hacía por voto popular, Jefferson y Clinton obtuvieron el 72,8%.Sin embargo, un ala del Partido Demócrata-Republicano descontenta con el candidato Madison, decidió apoyar por su cuenta la candidatura presidencial de George Clinton.Esos seis electores eran todos del Estado de Nueva York, el estado natal de Clinton y del que había sido gobernador durante tantos años; y aun así, los otros 13 electores de Nueva York votaron por Madison y no por Clinton.En cuanto a votos populares, en los Estados donde sus leyes les permitían tomar parte en la elección presidencial, todos se los repartieron Madison y Pinckney.Clinton ha sido junto con John C. Calhoun las únicas dos personas en la historia estadounidense que han tenido la oportunidad de ser Vicepresidente con dos presidentes distintos (en el caso de Clinton con Jefferson y Madison).
