Las cuatro islas centrales son las mayores: Hokkaidō, Honshū, Shikoku y Kyushu, que suman alrededor del 98 % de su extensión total.Las islas se ubican en una de las zonas geológicamente más inestables y complejas del planeta.En general, es un país altamente sísmico debido a su ubicación en el Cinturón de Fuego del Pacífico.Esta compleja distribución, origina profundas y extensas fosas oceánicas, especialmente en la costa pacífica del archipiélago.Japón estuvo asociado originalmente a la costa este del continente eurasiático.El relieve geológicamente es muy joven, surgido en el Período Mesozoico y aún en plena emersión, con predominio de materiales eruptivos y formas volcánicas, pero sin llegar a formas muy elevadas.Precisamente, la principal unidad en la estructura del relieve japonés es la mencionada Fosa Magna, depresión tectónica con numerosas fallas y volcanes, que separa al territorio en dos sectores: En Hokkaido destaca la cadena axial (N-S), que confluye en el centro de la isla con una alineación volcánica procedente de las islas Kuriles.Japón se sitúa en la zona volcánica denominada como el Cinturón de Fuego del Pacífico.Cada isla cuenta con su propia cadena montañosa, la cual sigue un eje transversal y las divide por la mitad.
Las islas de Japón han sido separadas de la costa de Asia dando lugar a una cuenca submarina de trasarco
