La cadena septentrional forma un triángulo invertido entre Penrhyn, al nordeste, Pukapuka en el noroeste y Suwarrow en el sur, entre los paralelos 9o y 13o30' al sur del ecuador.
Como la parte sur de las islas, los atolones son el resultado de volcanes, pero estos son más antiguos y se han hundido.
El clima es tropical, con un periodo lluvioso de diciembre a marzo y un periodo relativamente seco de junio a septiembre, sin ser realmente una estación seca.
Las lluvias son abundantes en todo el país, en la islas del norte las precipitaciones oscilan entre 1900 y 2800 mm, más abundantes cuanto más hacia el oeste.
Según la IUCN en las islas Cook hay tres áreas protegidas de muy distinto carácter.