En época romana tres fueron los poblamientos antiguos en Fresno: El Cardal, al norte, ha aportado tejas, fragmento de un pilum y monedas romanas; en el Teso El Legío, y Nava Las Iglesias (Dehesa de Paredes), el más interesante, han aparecido tapaderas de cuarzo, restos de vasijas, tégulas, mesa para libaciones y banquetes fúnebres, un busto de la Diosa Bane y ara dedicada a ésta.

En la Edad Media, Fresno quedó integrado en el Reino de León, época en que habría sido repoblado por sus monarcas en el contexto de las repoblaciones llevadas a cabo en Sayago, datando su primera referencia escrita del siglo XIII,[4]​ cuando esta localidad aparece ligada a ciudad de Zamora como posesión eclesiástica hasta mediados del siglo XIX, con la categoría de villa.

En ese sentido, Fresno tuvo una doble jurisdicción como villa, de señorío y de realengo, de donde seguramente deriva la división del lugar en dos barrios, barrio del Obispo y del Rey, según los documentos antiguos.

La actual iglesia parroquial de San Miguel se encuentra ubicada en el centro del pueblo.

[5]​ Cuenta con los restos de lo que fue la antigua iglesia de San Miguel, situada sobre un cerro a las afueras del pueblo como anexo al cementerio anexo.

[5]​ Fresno poseía varias ermitas de las cuales ya no se conserva ninguna.