Las freatofitas habitan zonas con agua estancada o corriente y en zonas áridas a lo largo de los cauces de los ríos y sobre las zonas donde el nivel freático está a muy poca profundidad respecto de la superficie del suelo (criptohumedales); estas plantas, por lo general, poseen raíces muy profundas que llegan a alcanzar habitualmente el nivel freático.
Las freatofitas no solamente son propias de las zonas áridas o desérticas, sino también de las zonas húmedas, a nivel ecológico forman hábitats naturales ricos en fauna y flora denominados esteros, juncales o carrizales, cañaverales... presentes en las planicies inundables, depresiones que alojan agua y estuarios.
Algunas especies freatofitas viven exclusivamente en terrenos salinos y pueden colonizar aguas contaminadas por purines.
Las extensiones artificiales de freatofilos, creadas por el hombre, son utilizadas como un método para purificar aguas grises.
En algunas plantas, si no reciben luz del sol o si la temperatura ambiente desciende por debajo de los 4 °C, la transpiración puede llegar casi a detenerse.
La profundidad del agua y su calidad son los factores hidrológicos limitantes a su desarrollo más importantes.
El fresno, el aliso, el sauce, el chopo y el álamo temblón son también útiles en este sentido.
Estos árboles crecen generalmente en acuíferos aluviales de agua dulce allí donde la profundidad del nivel freático no es superior a los diez metros.
En agricultura, a los freatofitos en las regiones áridas suele valorárseles de forma negativa debido al agua que consumen.
Buena parte de las comunidades vegetales crecen en aguas degradas, salitrosas o salinas, inservibles para la agricultura.