Nacido en una familia devotamente católica, en la región austríaca de Salzkammergut, Franz Stangl terminó sus estudios en la escuela pública en 1923.
Allí volvió a implantar el modelo ya probado en Sobibor.
Hacia el final de la guerra regresó a Viena, donde sirvió en la llamada Fortaleza Alpina (Alpenfestung).
Con la ayuda del Obispo católico Alois Hudal y el llamado grupo ODESSA, Stangl logró viajar primero a Siria y tras vivir unos años en Damasco, posteriormente se trasladó a Brasil en 1951, nuevamente a través de Italia.
Instalado en Brasil junto a su familia, Stangl trabajó en la fábrica Volkswagen de São Paulo.
Después de ser condenado, Stangl expresó: «Mi culpa es que todavía estoy aquí.