Nació en el seno de una familia eslovena en Trieste (cuando formaba parte del Imperio austrohúngaro), en la actual Italia.
Finalmente, el mismo Himmler tuvo que destituirlo del cargo y Hitler nombró a Josef Burckel como sucesor en enero de 1939.
Para estos propósitos, Himmler creó una empresa de fachada en que Globocnick figuraba como director.
Tan brutal y efectiva fue la gestión de Globocnik que los tres primeros campos levantados finalizaron o mermaron su actividad hacia 1943.
El equipo incluía a un contingente SS ucraniano, algunos exparticipantes regionales del Aktion Reinhard y además a los administradores de los campos de concentración cerrados en Polonia: Franz Stangl, Gottlieb Hering, Lorenz Hackenholt y Christian Wirth.
Globocnik ya detenido y golpeado por los soldados, se suicidó por envenenamiento con cianuro ese mismo día en las afueras de las murallas del castillo Paternion.