Después de la guerra, Tomášek volvió a enseñar en la facultad y obtuvo un segundo doctorado.En 1950, Tomášek, conjuntamente con todos los otros obispos leales a Roma, así como la mitad de los sacerdotes, fueron detenidos y enviados a campos de trabajo.[2] Ante la sorpresa de muchos, el gobierno le permitió asistir al Concilio Vaticano II, siendo el único obispo checoslovaco que pudo participar en todas las sesiones (1962-1965).Con la concesión de una mayor libertad, se dedicó a aplicar las reformas instituidas por el Concilio Vaticano.[2] Tomášek participó en los dos cónclaves de 1978 donde eligieron a Juan Pablo I y a Juan Pablo II.
Placa en memoria al Cardenal František Tomášek en Moravská Huzová
