Su idea inicial de la vocación presbiteral le vino porque se sintió particularmente desafiado por un póster que colgaba en su parroquia que le llamó la atención.

Este objetivo parecía inalcanzable en aquellos momentos, y soñó en ser piloto aeronáutico.

En 1978 las autoridades estatales, en colaboración con los comunistas locales, revocaron su autorización para ejercer su ministerio presbiteral.

Además, durante este período, continuó con su actividad pastoral, aunque secretamente, con pequeños grupos de laicos.

Subsecuentemente, el 1 de septiembre de 1989, empezó a trabajar como cura en la frontera con Baviera, en Čachrov, Javorná, Železná Ruda, Běšiny y Stráž na Šumavě.

En 1992 fue elegido presidente de la Conferencia Episcopal Checa, cargo que ocupó hasta 2001.

Además fue secretario especial de la Primera Asamblea Especial para Europa del sínodo de los obispos (1991), y participó en la novena Asamblea General del Sínodo de Obispos (1994) y en la segunda Asamblea General para Europa (1999).

[1]​ Vlk luchó durante toda una década para un nuevo marco legal para la Iglesia católica en la República Checa, que hubiera incluido en resolver unos 6000 millones de dólares en propiedades de la Iglesia confiscadas por el régimen comunista y que jamás se devolvieron.

[3]​ En 2006, Vlk criticó a un grupo de tradicionalistas Lefebvritas que realizaron una conferencia en Praga, acusándolos de simpatías hacia el antisemitismo y el neonazismo.