La arquidiócesis tiene como sufragáneas a las diócesis de: České Budějovice, Hradec Králové, Litoměřice y Pilsen.

En el primer cuarto del siglo XIII hubo serias disputas entre el obispo Ondřej y el rey de Bohemia, que quería revocar los privilegios del clero, tras lo cual el obispo lanzó el entredicho sobre el reino.

Durante el resto del siglo hubo un crecimiento de las órdenes religiosas en Praga y en Bohemia, pero hacia finales del siglo siguieron diversas sectas heresiarcas que propagaban la comunidad de esposas y bienes.

A inicios del siglo XIV una disputa opuso el obispo con Jan z Dražic las órdenes mendicantes, a las cuales se les prohibió predicar en las iglesias parroquiales y escuchar las confesiones.

En 1348 Carlos IV fundó la universidad, de la cual el obispo era el Canciller (Protector studiorum et Cancellarius).

No obstante eso, las relaciones con las autoridades políticas, proclives al protestantismo, eran tensas.

[4]​ Durante la segunda mitad del siglo XVII el Colegio de los Jesuitas fue fusionado con la Universidad Carolina.

Un resultado positivo fue que los fondos embargados se utilizaron parcialmente para la construcción de nuevas parroquias.